Akyuvarlar, bağışıklık sisteminin önemli bir parçası olarak, vücuda giren zararlı bakterilere karşı savunma mekanizması oluşturur. Bu savunma, akyuvarların bakterileri hücre içine alarak onları yok etme yeteneğiyle gerçekleşir. Bu süreç, özel bir mekanizma olan ve akyuvarların zararlı patojenleri yakalayıp sindirmesine olanak tanıyan fagositoz olarak adlandırılır. Akyuvarların bu işlevi, vücudun enfeksiyonlara karşı direncini artırmak için kritik öneme sahiptir.
Akyuvarın hücre içine bakteri alması, fagositoz süreci sayesinde gerçekleşir ve bu süreçte lizozom organeli görev alır.
Fagositoz sırasında, akyuvarın zarı bakteriyi sararak bir cep oluşturur ve bu cep koparak sitoplazmaya geçer, oluşan keseye besin kofulu denir. Daha sonra, besin kofulu lizozom ile birleşir ve içindeki sindirim enzimleri sayesinde bakteri sindirilir.